本片劇情接續上集《太陽旗》，描述莫那‧魯道（林慶台飾）率頌賽德克族多個部落發動公學校事件，殺死霧社的所有日本人之後， 日軍開始調動數千軍警反攻，但三百多名賽德克勇士退入叢林中打游擊戰，神出鬼沒的戰法使全台各地調來的正規軍死傷慘重。本來與賽德克人友好的日本巡查小島源治（安藤政信飾）因妻兒均被慘殺，乃鼓動一向跟莫那‧魯道為敵的屯巴拉社頭目鐵木‧瓦力斯（馬志翔飾）率族人投效日方，以重賞方式獵殺賽德克族的人頭。 而負責平定霧社事件的鐮田少將，用飛機大炮仍無法征服躲在深山中的賽德克勇士，於是下令投擲毒氣彈。在雙重壓力下，反抗勢力潰不成軍，紛紛赴死。眼看大勢已去，莫那‧魯道獨自遁隱失蹤，維時廿四天的持續戰事終於結束。

由於本片在上集已將霧社事件的歷史成因和莫那‧魯道發動反抗的前情已交代得十分清楚，因此下集的任務便是將日軍反攻後的連場大戰拍出燦爛奪目的吸引力，藉以彌補觀眾幾乎已可預知的簡單劇情。作為導演的魏德聖，在這一部份充份發揮了他控制戰爭大場面和群體打鬥動作的能力，幾場伏擊戲都拍出因地制宜的特色，部份飛機及轟炸的特效鏡頭雖仍可看出破綻，但整體的逼真效果已遠勝上個世紀七十年代以《英烈千秋》為首的大型戰爭片，創造出台灣電影前所未見的銀幕奇觀。

另一方面，原來在上集偏向「紀實戲劇」的拍法，到下集有了相當大的調整，在風格上趨向戲劇性的經營和觀賞效果的煽情。在上集顯得面目朦糊的幾個重要角色，在本片都有了比較深入和細致的個人發揮，例如小島源治與鐵木‧瓦力斯的相互利用，最後成為「以夷制夷」的一股龐大力量，整個個程便拍得頗具劇力和層次感。在上集只算是小配角的學童巴萬‧那威（林源傑飾），到了下集竟成了滿場飛的「小戰神」。甚至莫那‧魯道的兩個兒子和荷戈社的一些戰士，在壯烈犧牲的過程中也各有筆墨描述。相對之下，在上集一柱擎天的莫那‧魯道，因戲量分散而在本片沒有太大的發揮。

跟慘烈的作戰場面相比，賽德克族婦女集體上吊自盡的場面則極盡悲情之能事，花岡一郎（徐詣帆飾）先親手殺死妻兒再持刀自盡的一幕更令人不忍卒睹。這些片段從演出到鏡頭到配樂的處理都十分煽情，這個時候我們才驚覺：《賽德克．巴萊》原來還是一部沒有忘記市場的商業大片。

梁良